Твои труды не будут забыты ч,2
3 января 1869 года, на шестой день пути путешественники въехали в ворота Самарканда.
Здесь участники экспедиции провели всю зиму и начало весны, с удовольствием знакомясь с историческими памятниками и бытом древнего города, а 24 апреля отправились в дальнейший путь. Территории, которые предстояло посетить исследователям, были абсолютно неизведанными, поэтому начальник Зерафшанского округа генерал Александр Константинович Абрамов прикомандировал к отряду Федченко поручика Куцея и топографа Новоселова. Для охраны экспедиции была выделена сотня казаков с артиллерией под командованием штаб-ротмистра Михаила Дмитриевича Скобелева, будущего “Белого генерала”, героя русско-турецкой войны.
Добравшись до города Каттакургана обосновали там базу, своеобразный отправной пункт, откуда совершали экскурсии в окрестные горы. Первый маршрут был в сторону гор Актау (часть Нуратинского хребта). В небольшом селении Пейшамбе путешественникам был оказан на удивление тёплый и радушный прием.
9 мая экспедиция двинулась на юго-запад и через три дня достигла кишлака Джам. “Международным рынком” назвал его Федченко, поскольку сюда съезжались торговцы из бухарских, шахрисабзских и русских областей. Здесь остановились на ночь, проведя её в мечети в большом тенистом саду, где по преданию останавливался бухарский эмир.
На следующий день, крутыми тропами, через Аксайское ущелье поднялись на гребень, откуда Федченко удалось обозреть Шахрисабзскую долину и разглядеть две зеленеющие внизу массы садов – селения Шахрисабз и Китаб. Но путь туда для путешественников был закрыт, это были бухарские владения. Через Агалыкское ущелье вышли к Ургуту, а затем двинулись по долине Зерафшана к Пенджикенту. По дороге путешественников встретил мулла Пенджикента Карим Ата. Жители Пенджикента прослышав, что русский ученый более всего интересуется дикими животными края, поднесли Федченко в подарок горного барана, которого добыли лучшие охотники. Алексей Павлович был весьма обрадован таким подарком и даже попросил достать еще один экземпляр. Просьба была выполнена и через месяц в Самарканд был доставлен великолепный экземпляр животного.
Из Пенджикента путешественники, проехав вверх по долине Зеравшана до кишлака Даштыказы, правым берегом реки вернулись в Самарканд.
Этим завершился первый этап научных исследований Федченко в Туркестанском крае.
Московский университет за результаты этой экспедиции присудил Алексею Павловичу Федченко премию Щуровского — дорогой микроскоп.